این کلیسا یکی از کلیساهای ارامنه ساکن ایران است که در دل تپه‎ای مشرف به رود ارس در نزدیکی مرز شمال‎غربی ایران واقع شده است. این کلیسا با نام «استفان مقدس»، نخستین شهید دین مسیحیت نیز شناخته می‎شود. شخصیت استفان یا استپانوس برای مذاهب و ادیان گوناگون مقدس است و همین امر دلیل وجود کلیساهای بسیاری با همین نام در سرتاسر دنیاست.

تاریخ دقیق ساخت کلیسای سنت استپانوس مشخص نیست اما کارشناسان، قدمت این بنای فاخر را به واسطه استفاده از تزئینات خاص و سبک ویژه معماری آن، به قرن دهم تا دوازدهم میلادی نسبت می‎دهند. ارزش تاریخی و هنری این کلیسا سبب شد تا سنت استپانوس به عنوان یکی از سه کلیسای شاخص ارامنه ایران در سال 2006 میلادی در فهرست میراث جهانی یونسکو ثبت شود.

کلیسای سنت استپانوس از سه بخش اصلی تشکیل شده است. نخستین بخش آن، نمازخانه است که زیر گنبد رفیع بنا قرار گرفته، محراب کلیسا و محل نیایش ارامنه نیز در همین بخش قرار دارد. نقاشی‎های دیواری و دیوارنگاره‎هایی از قدیسین و فرشتگان، زینت‎بخش دیوارهای این بخش است.

بخش دیگر سنت استپانوس با نام «اجاق دانیال»، برای اقامت و استراحت مسافران طراحی شده و از آن به عنوان سالن اجتماعات برای برگزاری برخی مراسم مذهبی همچون غسل تعمید نیز استفاده می‌شده است.

آخرین بخش، برج ناقوس سنت استپانوس است که در طول زمان آسیب بسیاری دیده بود و در اوایل دوره قاجار، در دوره «عباس میرزا» بهسازی و ناقوس آن برای مرمت به کشور ایتالیا فرستاده شد اما هیچ‎گاه به ایران بازنگشت.

نمای بیرونی و دیوارهای اطراف کلیسا نیز با نقش برجسته‎های زیبایی از جمله چهره‎نگاری حضرت مریم، تولد حضرت مسیح، سنگسار شدن استفان مقدس و مصلوب شدن مسیح و یارانش تزئین شده است. سنگ قبرها و سر در ورودی کلیسا دارای کتیبه‎های ارزشمندی با خط ارمنی است.

مسیر جاده مرزی از شهر جلفا خروجی‌ای دارد که با تابلو مشخص شده است و شما را به کلیسای سنت استپانوس می‌رساند

.